一、连续近交下家猪微卫星基因组杂合度与经济性状的相关性研究（论文文献综述）
吴旭东[1]（2021）在《安庆六白猪全基因组受选择区域分析及种质优异基因鉴定》文中提出安庆六白猪是我国着名的地方猪种之一,其肉质鲜美、抗病性强是一座宝贵的种质资源库。但长期以来,安庆六白猪在小群体下出现一定的近交退化,生长速度较慢、瘦肉率低、繁殖力优势不明显、肉品质的稳定性差。本研究通过SSR标记对安庆六白猪现存种猪进行遗传距离梳理,选择亲缘关系较远的24头安庆六白猪与6头亚洲野猪进行10X深度基因组重测序。通过检测两种猪基因组内遗传变异情况,分析安庆六白猪基因组受选择区域及纯合区域,解析其种质特性形成的遗传基础并鉴定种质优异基因。本研究主要结果如下:（1）本研究所选择的14个微卫星位点均在安庆六白猪群体中检测出多态性,各位点平均等位基因数为8.5,有效等位基因数处于3.1927-7.1078之间,S0155等八个位点未达到Hard-Weinberg动态平衡,SW240等六个位点达到了Hard-Weinberg动态平衡,14个微卫星位点累积排除概率达99%。微卫星的遗传距离结果与后续基因组亲缘关系鉴定相符,用于重测序研究的样本两两间均不存在亲缘关系。（2）在30头猪中共发现49,289,052个SNP位点及6,186,123个Indel变异。遗传变异多数存在于基因间区内,以同义突变为主。结合FST及πratio两种计算方法并以1%为筛选阈值对安庆六白猪基因组受选择区域进行鉴定,共发现275个受选择区域,包含85个基因。基因功能注释结果表明参与猪机体免疫伪狂犬、蓝耳病毒的SMPD4、DDX18基因,参与了免疫T细胞及吞噬细胞的生物学调控的BCL6、P2RX6基因,与猪繁殖性能相关的SLC7A4、SPACA4基因,与猪脂肪沉积及肌肉发育相关MSTN及HIF1A基因在安庆六白猪选育过程中受到了正向选择。（3）安庆六白猪基因组中ROH数目、长ROH比例及FROH值均高于亚洲野猪,说明人工选择对基因组ROH分布及基因组近交水平存在影响。在安庆六白猪及亚洲野猪基因组中分别检测出307、205个ROH高频区域,对ROH岛内基因进行功能富集后发现,安庆六白猪ROH岛内基因显着富集于炎症免疫反应、细胞免疫因子调节、宿主防御等机体免疫代谢通路中。（4）安庆六白猪基因组受选择区域与ROH岛共有138个重合区域,所映射到的QTL位点所关联性状多为猪背膘厚,猪肉肉色、PH值、脂肪酸含量,猪机体免疫细胞数、寄生虫免疫、细菌免疫。选择SLC7A4与INSIG2基因的三个外显子区域错义突变位点进行安庆六白猪大群体的多态性检测,发现三个位点在安庆六白猪群体中均出现碱基突变,个体突变情况与重测序结果一致。本研究通过SSR标记技术完成安庆六白猪保种核心群的家系梳理,并根据遗传距离远近确定了重测序样本的选择。以亚洲野猪为参考群对安庆六白猪的选择信号进行研究,发现安庆六白猪基因组受选择区域内存在多个与其种质特性相关的候选基因。安庆六白猪及亚洲野猪基因组ROH检测结果显示,ROH的分布与选择压力相关,受选择程度高的安庆六白猪基因组内ROH丰度、长度及基因组近交系数均高于受选择程度低的亚洲野猪。结合基因功能富集分析及QTLs映射对安庆六白猪受选择区域、ROH岛及区域内所含基因进行研究,进一步揭示安庆六白猪抗病性强、肉质好等优良种质特性形成的分子遗传基础,为促进安庆六白猪种质资源保护与育种分子标记开发等方面提供了参考依据。
冯钰[2]（2021）在《金钱槭属的系统发育与保护基因组学研究》文中研究表明中国亚热带地区是第三纪孑遗植物的重要避难所,保留了许多局域分布甚至濒临灭绝的珍稀植物。然而,我们对第三纪以来的气候变化和近期的人类活动对这些孑遗植物的遗传多样性分布格局和适应性潜力的影响仍知之甚少。金钱槭属（Dipteronia Oliv.）为东亚特有的第三纪孑遗木本属,古近纪曾广泛分布于东亚和北美,而现存的两个物种仅分布于东亚孑遗植物的长期避难所,其中金钱槭（D.sinensis Oliv.）较为广泛地分布于中国西南地区,而云南金钱槭（D.dyeriana Henry）仅局限分布于云南东南部。本研究在广泛群体资源调查和采样的基础上,整合系统发育基因组学、比较基因组学及群体基因组学的分析方法,重建了金钱槭属和槭属的系统发育关系,全面探究了金钱槭属两个物种的基因组进化、遗传多样性、谱系分化和群体动态历史、近交水平及遗传负荷。获得的主要结果如下:（1）重建金钱槭属和槭属的系统发育关系本研究选取13个无患子科物种,其中包括两个金钱槭属物种和五个槭属物种,整合转录组和叶绿体基因组数据对金钱槭属和槭属的系统发育关系进行重建。与传统的形态分类结果一致,基于叶绿体全基因组和核基因数据集（2,466个直系同源基因和273个单拷贝核基因）的系统发育分析均强烈支持金钱槭属和槭属互为单系。化石校正的分子钟估算结果显示,金钱槭和云南金钱槭的分化时间为古新世-始新世交界（叶绿体CDS:52.7 Ma;单拷贝核基因:46.5 Ma）,表明金钱槭和云南金钱槭均为东亚植物区系最古老的“活化石”植物。（2）金钱槭和云南金钱槭全基因组的比较分析金钱槭基因组和云南金钱槭基因组大小分别为711.47 Mbp和914.69 Mbp,染色体挂载率分别达到95.95%（2n=20）和99.5%（2n=18）,基因组中分别包含437.41 Mbp（61.48%）和601.08 Mbp（65.71%）重复序列。通过转录组辅助的基因结构注释,分别在金钱槭和云南金钱槭基因组中注释得到33,282和32,837个蛋白编码基因。对金钱槭、云南金钱槭、漾濞槭和元宝槭基因组共线性分析结果表明金钱槭属两个物种的基因组经历了大规模的染色体重排。与槭属物种一样,金钱槭属两个物种基因组均只经历了一次古代的γ事件而没有经历近期的全基因组加倍。对16个蔷薇类植物进行了基因家族进化分析,结果显示,广布种元宝槭和金钱槭基因组中发生扩张的基因家族数量较多（元宝槭:1,055;金钱槭:761）,而濒危物种云南金钱槭和漾濞槭中扩张的基因家族数量较少（云南金钱槭:470;漾濞槭:536）。（3）金钱槭和云南金钱槭的谱系分化和种群动态历史对金钱槭16个群体54个个体和云南金钱槭7个群体25个个体进行重测序,分别获取了5,231,915个和2,079,413个高质量单核苷酸多态性位点（SNPs）。群体遗传多样性分析表明,金钱槭的核苷酸多样性高于云南金钱槭(π=7.08×10–4 vs.π=5.02×10–4)。基于ADMIXTURE的群体遗传结构分析将金钱槭划分为两个谱系（K=2）,将云南金钱槭划分为三个谱系（K=3）。进一步结合系统发育基因组学、PSMC和FASTSIMCOAL2进行谱系分化历史和种群动态历史推断,结果表明金钱槭自中新世晚期以来发生种群收缩,并在晚中新世到上新世（Phylogenomics:～4.56 Ma;FASTSIMCOAL2:～3.91 Ma）以长江为界分化为南北两个谱系;云南金钱槭的麻栗坡与文山-老寨的谱系分化时间在更新世早期到中期（Phylogenomics:～1.38 Ma;FASTSIMCOAL2:～1.57 Ma）,而文山-老寨谱系在更新世中期（Phylogenomics:～0.89 Ma;FASTSIMCOAL2:～0.70 Ma）进一步发生分化。中新世末期/上新世全球气候变冷和更新世气候动荡驱动了孑遗植物在东亚发生持续片段化和谱系分化,更新世末期至全新世以来的气候变化造成了金钱槭和云南金钱槭群体收缩和片段化,而人为因素进一步加剧了部分谱系的急剧收缩。（4）金钱槭属各谱系的近交水平和突变负荷通过对金钱槭和云南金钱槭个体水平的连续性纯合片段（ROH）和群体水平的近交系数(FIS)分析,结果表明金钱槭属两个物种现有群体均存在广泛的近交。云南金钱槭近交程度高于金钱槭(FROH:0.33 vs.0.23),云南金钱槭同时存在较为严重的克隆繁殖。对两个物种的选择效率评估结果表明金钱槭的选择效率高于云南金钱槭（πN/πS=0.38 vs.πN/πS=0.50）。通过SIFT评分、Grantham评分及功能缺失突变的注释对金钱槭属两个物种进行有害突变积累的评估,结果表明有害突变的积累与各谱系的有效种群大小（Ne）呈显着的负相关（R=–0.86,P<2.2e–16）。云南金钱槭积累的有害突变比例显着高于金钱槭（P<0.0001）,金钱槭的南部谱系比北部谱系积累了更多的有害突变,同时对极端有害突变有一定的清除能力。而云南金钱槭对有害突变的清除能力很弱,特别是麻栗坡谱系积累了大量严重有害的隐性突变,清除极端有害突变的能力最弱,且该谱系的突变适合度效应分布（DFE）已经严重偏离最佳适合度,有很大的灭绝风险。综上所述,本研究结果表明金钱槭属为单系类群,两个现存种均为第三纪早期分化的孑遗植物,证实了东亚植物区系的古老性。晚中新世和更新世的全球气候变化是两个物种谱系分化的主要原因,而更新世末期至全新世以来的气候变化以及人为因素促使了金钱槭和云南金钱槭群体的持续收缩和片段化。长期的局域分布和有效种群大小下降导致濒危物种云南金钱槭的选择效率减弱,近交水平增加,有害突变积累增多,适应性潜力弱。金钱槭的有效种群大小下降也导致有害突变积累增加,但对极端有害突变具有一定的清除能力。最后,我们基于本研究的结果提出了对金钱槭属两个物种及具有类似分布模式的东亚第三纪孑遗植物开展保护的策略。
李振通[3]（2021）在《石斑鱼杂交后代表型和遗传性状分析》文中认为石斑鱼（Epinephelus）,因其肉质鲜、嫩、爽口,并且富含各营养元素,是我国重要的海水经济鱼类,主要在我国东南沿海养殖,北方也有养殖。近年来,由于石斑鱼养殖技术的成熟,以及市场对石斑鱼需求的扩增,石斑鱼养殖规模快速增长。同时,在石斑鱼养殖中也引发相关问题,如石斑鱼种质退化、易感病、畸形率高等。石斑鱼养殖业的可持续健康发展需要具有优良性状的石斑鱼新品种来维持。杂交育种作为新品种培育的有效途径,是解决生物种质遗传资源退化的有效手段,在石斑鱼养殖中广泛应用。对于众多的杂交子代,对其表型以及遗传性状的研究尤为重要。1、云龙石斑鱼生长、畸形性状测定及转录组测序分析云龙石斑鱼是以云纹石斑鱼（Epinephelus moara）为母本,鞍带石斑鱼（Epinephelus lanceolatus）为父本进行杂交,培育出的杂交石斑鱼新品种。云龙石斑鱼兼具父母双方的优点,如生长速度快、营养丰富。与母本云纹石斑鱼相比,云龙石斑鱼表现出显着的生长优势,已通过国家新品种审核。本文利用雄性鞍带石斑鱼与雌性云纹石斑鱼建立了28个云龙石斑鱼杂交家系,另外建立3个云纹石斑鱼纯系。云龙石斑鱼家系的受精率平均值是55.5%±26.7%,畸形率平均值是8.3%±0.9%。在45-245日龄,云龙石斑鱼与云纹石斑鱼的生长曲线分别为W=0.0392L2.8912（R2=0.9869）,W=0.0255L3.0216（R2=0.9908）,在此生长过程云龙石斑鱼呈异速生长型,云纹石斑鱼是等速生长型。至245日龄时,云龙石斑鱼的体重与体长平均值分别为（316.7±57.3）g、（22.5±1.7）cm,云纹石斑鱼的为（123.2±30.2）g,（16.8±1.3）cm,云龙石斑鱼体重和体长分别是云纹石斑鱼的2.6倍,的1.3倍。对云龙石斑鱼与珍珠龙胆石斑鱼进行为期12个月的对比养殖,体重是珍珠龙胆的1.3倍,全长为1.2倍。云龙石斑鱼具有明显的杂种优势。石斑鱼育种中普遍存在畸形鱼的现象,给石斑鱼养殖业的发展带来了较大的经济损失。在我们培育的云龙石斑鱼家系中,平均畸形率为8.3%±0.9%,个别家系畸形率高达44.7%。目前,对石斑鱼畸形的发生研究缺少,因此我们借助Illumina Hi Seq测序技术对高畸形率家系的正常鱼与畸形鱼的脑、垂体和脊椎骨进行测序。在18个RNA-seq文库中,共获得10.5亿条高质量的reads。共组装了87,888个基因,注释到36,268个基因,长度在201-28,922 bp。我们对正常鱼和畸形鱼进行比较转录组研究,分别在脑、垂体、脊椎骨中获得398、136和2,341个差异表达基因,共有706个上调基因,2,169个下调基因。对差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG通路分析,发现与DNA结合、激酶活性、细胞因子受体反应、神经性配体受体作用、钙离子信号通路、细胞外基质受体作用、雌激素信号和矿物质吸收通路参与到脊椎骨畸形的发生中。进一步通过权重基因共表达网络分析得到与畸形性状相关的三个模块,筛选到一些相关性较高的基因,如细胞周期蛋白依赖性激酶4、E3泛素-蛋白连接酶RNF19A。在blue模块中,发现有多数基因与小白蛋白（OCM）、血小板糖蛋白Ibα链（GPIBA）、基质金属蛋白酶-9（Mmp9）相关联,这三个基因均与脊椎骨发育密切相关。另外通过q PCR验证表明本研究的转录组数据是高质量的,满足生物信息学分析要求。2、杂交石斑鱼线粒体结构及进化分析石斑鱼种类丰富多样,线粒体DNA有其特有的特点,是分子系统学研究的重要标记。本文对云纹石斑鱼（♀）×蓝身大斑石斑鱼（Epinephelus tukula）（♂）杂交子代的线粒体结构和系统进化进行分析。云纹石斑鱼（♀）×蓝身大斑石斑鱼（♂）杂交子代线粒体DNA长度为16,695 bp,包括13个蛋白质编码基因（PCGs）、2个核糖体RNA（r RNA）、22个转运RNA（t RNA）、1个复制起始位点和1个控制区（control）。基因的组成与顺序与其它脊椎动物一致。在这13个PCGs中,有12个分布在重链,ND6编码在轻链。杂交子代的线粒体全基因组在碱基使用上具有较高的AT,AT为正值,GC为负值。起始密码子除了COX和ND4的为GTG,ATP6的为CTG,其余皆为ATG。终止密码子有三种类型,包括T（ND2,COXII,ND3,ND4和Cytb）、TA（COXIII）,TAA（其余PCGs）。所有t RNA中除了t RNASer（AGN）由于缺少经典的环不能形成经典的三叶草式。进行系统发育树分析,发现云龙石斑鱼、云纹石斑鱼（♀）×蓝身大斑石斑鱼（♂）子代与云纹石斑鱼关系最近,显示杂交子代的线粒体遵循母本遗传特征,结果对于鉴定物种、系统进化和杂交育种具有指导意义。3、赤点石斑鱼♀×蓝身大斑石斑鱼♂杂交子代表型和遗传性状分析在石斑鱼杂交育种过程中,需要对杂交组合的可行性、杂交子代的遗传特性进行评估。赤点石斑鱼（Epinephelus akaara）♀与蓝身大斑石斑鱼♂是一个新的杂交组合,从生长发育、染色体分析、线粒体分析和微卫星分析四个方面展开对赤点石斑鱼♀×蓝身大斑石斑鱼♂杂交子代研究。赤点石斑鱼♀×蓝身大斑石斑鱼♂杂交子代在水温20.3-24.7℃,盐度30的条件下,历时40 h 55 min孵化出膜,完成整个胚胎发育,赤点石斑鱼为41 h 18 min。胚后变态发育阶段分为前期仔鱼（1-3 d）、后期仔鱼（4-31 d）、稚鱼期（32-57 d）、幼鱼期（58 d-）四个时期。至一龄时,杂交子代的体重达到（176.6±28.7）g,全长达（22.4±1.1）cm,赤点石斑鱼的体重达（81.4±15.0）g,全长达（17.5±1.0）cm,杂交子代体重是赤点石斑鱼的2.17倍,全长的1.28倍。与赤点石斑鱼相比,杂交子代的体表附有黑色斑块,条带不明显,体型与赤点石斑鱼相似。通过头肾-秋水仙素法,对四月龄的赤点石斑鱼和赤点石斑鱼♀×蓝身大斑石斑鱼♂杂交子代进制备染色体制片。使用油镜观察和分裂相统计,杂交子代的染色体数目为2n=48,比重为72%,核型公式是2n=3sm+3st+42t。赤点石斑鱼的染色体数目为2n=48,比重为70%,核型公式是2n=4sm+6st+38t,蓝身大斑石斑鱼的染色体核型为2n=2sm+46t,说明杂交子代的遗传物质来自于父母本各一套染色体。杂交子代的线粒体DNA长度为16,928 bp,包含包括13个PCGs、2个r RNA基因、22个t RNA基因、1个复制起始位点和1个控制区。与其他脊椎动物相似。对于蛋白质编码基因,基因密码子使用频率最高的是编码亮氨酸的密码子。杂交后代系统进化分析说明线粒体DNA在遗传中遵循母本遗传。利用24对微卫星标记对赤点石斑鱼、蓝身大斑石斑鱼以及杂交子代进行遗传性状分析。对于这24对微卫星位点,主要等位基因频率平均为0.4297,shannon多态信息含量平均为0.6531,其中有20个位点为高度多态性,平均值为1.4793。赤点石斑鱼、蓝身大斑石斑鱼以及E.AT的群内近交系数、总群体近交系数和群体间分化系数和基因流平均为0.0713、0.3097、0.2566、0.7242。三个群体的平均有效等位基因数最高的是赤点石斑鱼（3.5883）,然后是杂交子（3.3288）和蓝身大斑石斑鱼（1.9306）。平均观测杂合度大小为杂交子代（0.6447）、赤点石斑鱼（0.5089）、蓝身大斑石斑鱼（0.3097）。平均期望杂合度大小为杂交子代（0.6569）、赤点石斑鱼（0.56035）、蓝身大斑石斑鱼（0.3479）,3个群体多态信息含量介于0.3042-0.5898,最高的是杂交子代,表明杂交子代具有较高的遗传多样性。聚类分析表明杂交子代与母本赤点石斑鱼的遗传相似性较高,遗传距离较近。
田镇[4]（2021）在《文蛤（Meretrix meretrix）7个群体遗传多样性分析》文中研究说明通过生物信息学方法分析了文蛤（Meretrix meretrix）转录组中微卫星序列（简单重复序列,simple sequence repeat）的分布规律。结果表明:在文蛤转录组SSR中,单碱基重复的数量最为丰富,有3001个;其次为三碱基和四碱基重复,分别为2254和2200个;二碱基重复1052个;五碱基332个;六碱基最少,仅13个。文蛤转录组SSR共包含26个重复基元,其中优势基元最多为单碱基重复A/T有2809个,其次为三碱基重复AAC/TTG有907个,四碱基和二碱基重复中的AAAC/TTTG、AT/TA分别有588、561个,说明文蛤转录组微卫星位点的分布对A/T具有偏好性。文蛤SSR（完整性）的平均长度为18.34bp,微卫星主要长度为12～20bp,约占41%。本研究结果将为研究文蛤等贝类微卫星标记开发、群体遗传多样性、遗传连锁图谱和分子遗传育种提供基础数据。为了解江苏文蛤红壳色（Meretrix meretrix）群体选育世代的遗传多样性变化,以观察连续群体选育对文蛤群体遗传结构的影响和后续育种计划的长期可持续性。采用15个微卫星分子标记,对江苏黄文蛤（SY）、红文蛤（SR）和红壳色选育群体（SRF1～SR5F5）共7个群体进行分析。结果显示,15对引物共检测出765个等位基因,每个位点在每个群体的等位基因（Na）3～18个,Na随着选育世代增加而减少（P>0.05）;观测杂合度平均范围为0.4422～0.5022,期望杂合度（He）范围0.6424～0.6798,群体中63.81%的位点显着偏离哈温伯格平衡,表明各位点存在一定程度的杂合子缺失;各位点多态信息含量（PIC）范围0.5750～0.6298,表明群体的位点多态性较高;群体内近交系数Fis值范围为-0.0157～0.7409,平均值为0.2777,表明群体存在一定近交水平;Fst为0.0455,说明文蛤群体的变异中约有4.55%是由不同群体间的基因差异产生的,95.45%的变异来自于各个种群内部各群体基因流为0.9002～18.9478,平均基因流为8.8065,各个群体存在较强基因交流;UPMGA聚类分析表明,黄文蛤（SY）独成一支,红文蛤及其选育群体依次聚为一支。研究表明,经过5代人工选育文蛤红壳色选育群体虽较基础群体（SY和SR）遗传多样性指数有略有下降（P>0.05）,但并未导致选育群体的遗传多样性发生显着性变化,仍具有较高的遗传多样性。为探索文蛤cdk1基因单核苷酸多态性（SNP）与文蛤生长性状的相关性。实验选取江苏文蛤红壳色原种及其选育子代等7个群体,通过直接测序法对其cdk1基因外显子区域进行了SNP位点筛查,并将SNP位点与个体不同生长性状（壳长、壳宽、壳高、粒重）进行关联分析。结果显示,15个SNP位点分布在cdk1基因的外显子上,其中与生长性状显着相关SNP位点有6个;在这6个SNP位点中,检测到有1个SNP位点为同义突变（443T>A）;5个SNP位点为非同义突变（356G>A;713G>A;1121C>G;1201G>A;1229A>T）,分别导致氨基酸（Cys119Tyr;Arg238His;Thr374Arg;Gly401Ser;Asn410Arg）的改变;亦对6个生长相关SNP位点进行连锁不平衡分析,构建出4种单倍型与文蛤生长性状显着相关（P<0.05）。利用Popgen 32软件分析cdk1基因与生长性状显着相关6个SNP位点在7个群体遗传参数。结果显示,7个群体均出现期望杂合度（He）低于观测杂合度（H0）;多态信息含量（PIC）为0.2339～0.3040,均表现为中度多态性;群体间遗传分化指数为0.0046-0.0274,说明各个群体之间遗传分化较低;6个生长相关SNP位点中优势基因型在选育群体的频率呈增加趋势,反应江苏文蛤红壳色选育群体在生长性状上已累积一定的遗传变异。上述研究表明,文蛤cdk1基因外显子中存在的6个SNP位点及其构建的单倍型与壳长、壳宽、壳高和粒重四种生长性状存在显着关联性,江苏文蛤红壳色选育群体遗传结构并无显着变化。本研究筛选出的6个SNP位点及其单倍型构建和选育遗传结构分析,为单个生长基因碱基突变对文蛤生长性状影响和生长品系选育积累了基础的研究资料。
赵龙[5]（2021）在《中-越地方鸡品种的遗传多样性分析》文中提出我国云南、广西一带,是世界上为数不多的红色原鸡主要栖息地之一。凭借着我国劳动人民的智慧,早在三千年前就对红色原鸡进行驯养和培育,衍生出了很多独具特色的地方鸡品种。越南与我国毗邻,地处优越,气候适宜,动物遗传资源非常丰富,也同样拥有很多的地方鸡品种。在“一带一路”的倡导下,通过探究中-越地理位置临近的部分地方鸡品种的遗传多样性和各个群体之间的遗传结构,为中-越地方鸡品种的保种和选育工作提供一定的参考。我们选取了中-越共21个地方鸡品种的534个样本,使用18个微卫星分子遗传标记位点对21个群体的遗传多样性进行了分析,之后选取其中距离比较近的9个中国地方鸡品种和6个越南地方鸡品种进行基因组重测序,使用SNP分子遗传标记对15个地方鸡品种进行遗传多样性的验证分析。具体分析结果如下。1.18个微卫星位点在21个群体中总共检测出377个等位基因,平均每一个位点有20.9440个,其中只有MCW0103位点检测出的等位基因数最少,为6个,其余位点均检测出超过10个等位基因。LEI0094位点检测出的等位基因数量最多,为44个,其多态信息含量也最高,为0.7820。21个群体的Ne值在5.22～9.22之间,其中大围山微型鸡群体最低,霞烟鸡最高。观察杂合度（Obs He）在0.4623～0.7193之间期望杂合度（ExpHe）在0.5964-0.7920之间,多态信息含量（PIC）在0.05531～0.7425之间。2.18个微卫星位点在21个群体内的近交系数（Fis）在-0.0122～0.4850范围内,除了 MCW0111位点和MCW0016位点呈现出杂合子过剩的情况,近交系数为负值,其他位点均显示杂合子缺失,其中MCW0165位点显示近交系数最高,为0.4850,18个位点的平均值为0.1080。21个群体的个体固定系数（Fit）的值在0.0954-0.6387之间,其中MCW01116位点最低,MCW0165位点最高,平均值为0.2569;整个群体的固定系数（Fst）的值在0.1031～0.4124范围内。3.遗传距离（DA）的值在0.2557～0.9494之间,其中越南地方鸡品种GH与云南大围山微型鸡的距离最远,越南地方鸡品种GA与GM之间的距离最近。越南五个地方鸡品种与云南地方鸡品种的遗传距离更近。4.利用Structure程序对21个群体进行群体遗传结构分析,在K=4的时候,5个越南地方鸡品种从群体中分离出来。直到K=12时,也没被分开的亚群有:由龙胜凤鸡、云龙矮脚鸡、腾冲雪鸡、霞烟鸡、大围山微型鸡组成的一个亚群;由西双版纳斗鸡、武定鸡、兰坪绒毛鸡与盐津乌骨鸡组成的第二个亚群;越南鸡的GA品种、GB品种、GM品种、GN品种、GH品种组成的第三个亚群。二次归类分析的过程中,除了五个越南地方鸡组成的第三个亚群,其它地方鸡品种均能各自分离开。5.15个国内地方鸡品种基于SNP分子遗传标记进行群体遗传结构分析,东涛鸡（CT）能够首先从整个群体中分离出来,而中国地方鸡品种与越南地方鸡品种也能较早的分离开。中国的9个地方鸡品种除了腾冲雪鸡与西双版纳斗鸡之间有较为严重的个体混杂情况外,其它群体均能各自聚类,遗传多样性非常丰富。越南六个地方鸡品种关系紧密,总体与茶花鸡的距离比较近。
路东晔[6]（2020）在《臭柏叶绿体基因组、群体遗传多样性及谱系地理学研究》文中研究指明臭柏（Juniperus sabina）为柏科（Cupressaceae）刺柏属（Juniperus）灌木,具有萌蘖力强,耐修剪和沙埋等特点,是防风固沙、水土保持和碳汇的优良树种。臭柏在欧洲南部、中亚以及中国等干旱半干旱区范围内呈间断分布格局,开展天然臭柏的遗传多样性和谱系地理学研究有助于追溯现有分布格局的历史成因,揭示臭柏的系统进化,阐明地质史变迁和气候变迁对臭柏分化的影响,提出科学有效的保护策略。本研究首先分析了臭柏叶绿体基因组结构特征,重建臭柏在柏科刺柏属内的系统发育地位;其次基于SSR标记引物对臭柏11个天然群体的遗传多样性、遗传结构、遗传分化以及瓶颈效应进行分析;然后基于4个cpDNA片段（matK+petB-petD+trnL-trnF+trnS-trnG）、1个核糖体ITS片段和1个单拷贝核基因片段（ABI3）序列揭示各单倍型谱系之间的关系,估算各谱系分化时间,推测臭柏的冰期避难所,阐明臭柏间断分布地理格局的成因和动态进化历史,并探讨臭柏的进化历程与地质历史及气候变化事件的关系;最后基于最大熵模型MaxEnt预测臭柏不同时期的地理分布格局。根据群体间遗传分化程度、不同历史时期的地理分布格局、主要环境限制变量为臭柏提出保护策略。主要研究结果如下:（1）臭柏叶绿体基因组由大单拷贝区（91264bp）、小单拷贝区（35952 bp）和2个反向重复区（261 bp）构成。基因组全长127739 bp,包含119个基因,即82个蛋白编码基因、4个rRNA基因和33个tRNA基因;臭柏与其它刺柏属植物相比较,其基因组大小、基因组成及GC含量相近。系统发育分析表明臭柏与刺柏属内J.bermudiana亲缘关系相对较近,整个刺柏属植物分支为单系类群。（2）臭柏群体具有较高的遗传多样性,具有中部群体>东部群体>西部群体的趋势;群体遗传分化处于中等水平,11个臭柏群体可分为2组,其中NMYQ、NMNL、NMTK和SXHS群体独立为一支。群体的遗传变异主要来自于群体内个体间,群体间遗传变异较小。（3）11个天然群体共定义18个叶绿体单倍型、38个ITS单倍型和25个单拷贝核基因单倍型。ABI3序列表明臭柏群体存在谱系地理结构,且遗传距离和地理距离呈正相关。（4）cpDNA、ITS和ABI3三种分子水平的BEAST祖先分化时间均推测臭柏至少起源于第三纪中新世（Miocene）中期,cpDNA片段和ITS片段的中性检验表明臭柏群体没有经历明显扩张过程,而核基因ABI3片段中性检验和失配分析均不能拒绝群体扩张假说,在19.37 ka BP（末次盛冰期后）可能出现一定程度扩张。总的来说,臭柏可能在第三纪呈带状连续分布于北半球,受到青藏高原隆起、第四纪冰期以及人为活动的影响,栖息地破碎化以后生长范围缩减至以山地为中心等特殊环境的避难所,盛冰期后个别群体在避难所附近发生小范围扩张。直至现代多数臭柏群体由于气候干旱化加剧,多数分布于山下沟谷、时令性河道以及降水量较多的沙地。（5）自末次盛冰期以来,臭柏适生区面积呈现先减少后增加再减少的趋势,现代潜在分布面积达到最大。年平均降雨量（Bio12）、最湿月份降水量（Bio13）、海拔（Elev）和年均温变化范围（Bio7）为限制臭柏分布的主要环境变量,与温度相比水分对臭柏的分布格局影响更大。（6）根据不同时期的地理分布格局及群体单倍型分布特点,推断阿尔泰山、伊犁河谷、祁连山、贺兰山、阴山和浑善达克沙地存在独立避难所。毛乌素沙地分布的现有臭柏群体可能是由黄土高原原始植被残留演化而来。（7）为了合理有效的保育天然臭柏种质资源,根据臭柏群体间遗传分化程度、不同历史时期的地理分布格局、主要环境限制变量,将臭柏群体划分为2个进化单元,3个亚区,应分别采取相应的种质资源保护策略。
吕丁[7]（2017）在《大菱鲆遗传进展及利用分子标记估计育种值的研究》文中进行了进一步梳理大菱鲆（Scophthalmus maximus,Linnaeus,1758）,在中国又被称为“多宝鱼”（Turbot）,是一种低温、底层肉食性鱼类,是原产于欧洲的特有种。因其具有生长速度快、适盐广、耐低温、少病害、出肉率高、营养丰富等优点,是在世界范围内具有很高经济价值的鲆鲽类养殖良种。中国水产科学研究院黄海水产研究所（以下简称黄海所）雷霁霖院士于1992年首次将大菱鲆由英国引进到中国,并创立了“温度大棚+深井海水”的工厂化养殖模式。使大菱鲆产业迅速开展起来,2010年以来,中国大菱鲆养殖产量一直维持在6万吨左右,是世界上大菱鲆产量最高的国家。从2006年到现在,黄海所已经开展了十年大菱鲆BLUP选育。取得了一定的育种效果的同时,也暴露出缺乏有效系谱和选育遗传进展较慢的问题。本论文首先利用大菱鲆选育开展十年以来所所记录的收获体重（约15月龄体重）数据和谱系信息,总结了大菱鲆的选育遗传进展。其次针对大菱鲆过去选育过程中暴露的问题,开发建立了两种分子标记结合BLUP技术估计大菱鲆遗传参数和育种值的方法,旨在利用分子标记技术加速大菱鲆BLUP选育遗传进展。1.大菱鲆体重性状遗传进展研究利用来自于2006年到2014年间建立的508个家系的10952个个体的表型数据和系谱信息进行体重遗传力和遗传进展的估计。数据来自于7个年份,分别属于3个世代。由单一世代数据估计的遗传力分别为0.11±0.08,0.18±0.09和0.17±0.07,由总体数据得到的估计值为0.19±0.04。由单一世代数据估计的共同环境效应分别为0.10±0.04,0.14±0.04和0.13±0.03,由总体数据得到的结果为0.12±0.01。G0世代的选择差异为18.24 g,G1为21.19g,世代间平均选择差异19.72 g。相应的G1和G2世代的遗传进展分别为22.06 g和11.93 g,相当于6.36%和3.52%最小二乘均值体重。经两代选择之后,累计遗传进展为10.10%。说明大菱鲆BLUP选育总体上是成功的。2.利用基于分子标记的亲缘关系估计大菱鲆体重遗传参数和育种值的研究为了解决大菱鲆育种当中出现的基础群体来源不明和系谱深度相对较浅的问题,本研究开发了一种基于分子标记的大菱鲆遗传参数估计方法,并评价了其准确性。实验群体包括来自于2013级79个家系的843尾15月龄个体,这些个体由50尾雄性亲鱼和34尾雌性亲鱼通过人工授精繁殖得到。20个微卫星位点用于实验群体分型,分型结果进一步计算得到所有个体间的分子亲缘关系。系谱信息和分子亲缘关系分别构建加性遗传矩阵用于同一个动物模型以估计群体遗传参数和个体育种值。随后利用交叉验证进一步比较两种方法对个体育种值的估计准确度。基于系谱的体重体长遗传力分别为0.33±0.15与0.24±0.14;基于分子亲缘则均为0.23±0.04。基于系谱的遗传和表型相关分别为0.96±0.02和0.87±0.01;而基于分子亲缘分别为0.99±0.02和0.89±0.01。交叉验证结果表明系谱法和分子亲缘法估计育种值的准确度分别为0.85和0.92。以上结果表明当系谱信息缺乏或者不准确时,分子亲缘方法估计遗传参数是可行的。3.大菱鲆5月龄幼鱼体重性状关联SNP验证及分子标记辅助BLUP估计育种值在本实验室开发的高密度遗传连锁图谱基础之上,筛选出了 4个幼鱼体重性状相关候选SNP位点,利用一般线性模型对其在多家系内进行性状关联验证。利用Taqman探针法对这4个SNP位点在2016级7个家系共180尾个体组成的混合群体内分型。首先对家系效应和基因型效应进行方差齐性检验和正态分布检验,结果发现符合一般线性模型分析要求,所得结果具有统计学意义。其次利用包含家系效应和基因型效应的一般线性模型进行分析。结果发现4个SNP位点当中,只有一个,即SNP105在多家系内与幼鱼体重呈极相关关系（P<0.01）,其它三个标记在多家系内与幼鱼体重相关性不显着。这说明因为遗传背景的差异,在作图群体内得到的性状关联标记在更为复杂的群体内往往与性状并不相关。利用4个性状关联候选SNP进一步用于40个家系组成的育种群体分型。4个SNP分别建立包含基因型固定效应的基因辅助BLUP模型进行分析。结果显示同样只有SNP105标记与幼鱼体重性状呈现极显着相关（P<0.01）,其它三个标记与性状相关性均不显着。基因型AA固定效应为0.682±0.230g,大于基因型GA和GG。说明基因型AA个体生长具有优势。利用标记辅助BLUP估计得到的个体间育种值与传统BLUP得到的结果有一定差异,两组数据皮尔逊相关度为0.75。利用两组数据分别计算得到的家系平均育种值并进行排名,结果显示两组数据得到前20个家系当中,有13个相同,有7个不同。说明利用标记辅助BLUP会极大改变家系选育的选择结果。4.大菱鲆Cygb-2基因不同组织表达及其与体重性状关联性分析通过序列比对我们发现体重性状关联标记SNP105在物理距离上靠近大菱鲆Cygb-2基因,两者相差约1600bp,为了进一步验证SNP105与体重性状的关联作用是否与Cygb-2基因相关。我们通过荧光定量PCR技术研究了 Cygb-2基因在5月龄大菱鲆不同组织中的表达水平,并以选取表达量最为丰富的组织为代表研究该基因mRNA表达量与体重之间的关联分析。结果表明,大菱鲆脑组织Cygb-2相对表达量具有绝对优势。回归分析结果不支持脑组织Cygb-2相对表达量对5月龄大菱鲆体重有显着性作用。该Cygb-2基因对体重性状的作用有待于未来进一步确认。
罗伟[8]（2014）在《团头鲂EST-SSR的开发及在育种中的应用》文中认为团头鲂（Megahbrama amblycephala Yih）,俗称武昌鱼,属硬骨鱼纲、鲤形目、鲤科、鲌亚科。自然分布区域狭窄,原产仅在长江中游的一些通江湖泊,如湖北省的梁子湖、淤泥湖和江西的鄱阳湖等。由于其独特的文化元素以及具有草食性、成活率高、生长较快、抗病力强、含肉率高及营养价值较高等优点,在20世纪60年代己确认为一种优良养殖鱼类。目前已经推广到全国各地饲养,成为我国池塘和网箱养殖的主要或者混养鱼类之一。由于人工繁殖的成功突破和养殖驯化水平的不断提高,在2010年团头鲂在我国的养殖产量已经达到652,215t（CAFS,2010）。然而,随着养殖驯化过程中的近亲繁殖、野生资源的过度捕捞以及生存环境的破坏,团头鲂的种质资源己经受到了严重的威胁。团头鲂的养殖群体逐渐出现了生长减缓、体型变长变薄、抗病力差和性成熟个体变小等问题。目前团头鲂分子遗传基础薄弱、基因序列和分子标记资源匮乏、遗传育种理论尚不成熟,严重影响团头鲂遗传育种计划的开展。为了更加有效地开展团头鲂先进的育种计划,尽快培育出优良品种,本论文从团头鲂转录组高通量测序入手,开发微卫星标记,构建亲子鉴定技术平台,并在此基础上结合团头鲂F1代生长表型数据进行了全面的数量遗传学研究。在本论文结合数量遗传学、杂交育种和MAS等多方面知识,运用了家系选育、群体选择、BLUP育种和后裔测定等多种方法开展团头鲂的育种研究,为早日获得团头鲂具有生长优势的优良品种奠定了坚实的基础。总的来说主要有如下结果和结论：1.团头鲂转录组454GS FLX高通量测序和分析应用高通量454测序技术对团头鲂多个组织的均一化cDNA文库进行测序,一共获得了1,409,706条高质量序列,总长度为577Mbp,平均长度为411bp。经过拼接组装后获得了26,802条contigs和73,675条singletons,测序深度大约为7.6倍。Contigs的平均长度达730bp,且有74.1%的contigs序列长度超过500bp。对团头鲂拼接得到的unigenes与Nr、Swiss-prot和UniProt等公共蛋白质数据库比对,超过50%的序列获得了注释；通过GO注释对基因进行分类,获得了zinc ion bingding等41个小类别,鉴别出大量与生长、繁殖、免疫和抗逆等相关性状的候选基因。通过与斑马鱼、青鳉、绿河豚、河豚、三棘刺鱼、人、小鼠和鸡的基因组比较,发现团头鲂转录组中的基因与这些物种具有很高的比例的相似度,同时还鉴定了778条的团头鲂特有的基因。另外,在团头鲂转录组中一共检测到有4,952个SSR位点和大量的SNP位点（25,697个）和插入缺失位点（23,287个）。2.根据团头鲂转录组EST序列,开发大量微卫星标记EST文库筛选微卫星具有方法简便、花费较低等特点。本研究从团头鲂454转录组测序得到的大量isotigs序列中搜索SSR位点,一共随机设计了300对EST-SSR引物,经过PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳分型,其中146个位点（48.7%）可以清晰扩增出条带,93个（31%）微卫星位点具有多态性。多态性微卫星标记应用于梁子湖野生样本的遗传多样性分析,发现有效等位基因数从2到18个,平均等位基因数为5.11个。观测杂合度（Ho）的大小在0.25到1之间,平均为0.69；期望杂合度（HE）在0.25到0.86之间,平均为0.65。此外,从所开发出的多态性微卫星标记中,筛选20个微卫星位点构建了6个多重PCR反应体系,高效地分析团头鲂淤泥湖野生群体群体的遗传多样性,发现其遗传多样性较低,并且在多个位点上显着偏离哈迪-温伯格平衡,说明了该团头鲂野生群体遭到了严重的干扰。3.利用高质量多态性的微卫星标记构建亲子鉴定技术体系基于微卫星的亲子鉴定技术的使用克服了传统选育过程中的种种弊端。本研究利用8个高质量多态性微卫星标记构建了团头鲂亲子鉴定平台,平均等位基因为10个,平均观测杂合度和期望杂合度分别是0.649和0.670,多态信息含量是0.655,在混养家系鉴定中准确率达到96.33%,可以实现团头鲂多个家系从出生就可以进行混养,成功地减少管理成本,增加家系数量,同时大大降低环境误差,从而为后续实验如家系生长性能评估、杂交优势和遗传参数评估等多个方面的研究更加精确地进行奠定了基础,提高选育效率,加快育种进程。4.团头鲂子一代优良家系筛选本研究通过收集团头鲂自然群体,然后进行群体繁育的方法,构建了团头鲂317个F1代全同胞家系。F1代从鱼苗下塘开始就一起混合饲养,直到收获（20月龄）时,利用微卫星的亲子鉴定技术进行家系鉴定。通过鉴定,708个子代（94.53%）能够准确地找到单一的父母本。结合F1代的生长性状表型值,成功筛选到了平均体重≥400g的家系的25个,其中36号、41号和1号家系生长最快,这些家系可以作为团头鲂家系育种的重要选育系。另外,根据多个生长最快的家系和生长最慢的家系的体长和体重建立关系式,分别为W=0.1059*L2.5224（R2=0.9035）和W=0.1117*L2.4608（R2=0.9106）。两关系式中a值相近,说明不同家系的生长环境较稳定,家系之间具有可比性；b<3,说明两组家系均处于异速生长阶段,符合团头鲂正常的生长规律。5.团头鲂杂交优势和配合力分析本研究对团头鲂梁子湖（LZ）、淤泥湖（YN）和鄱阳湖（PY）3个地理种群进行双列杂交实验,采用亲本多雌配多雄的人工繁殖方法构建团头鲂F1家系,Fl代在混合养殖的条件下,通过亲子鉴定的手段来比较各个繁殖组合20月龄的生长性状,评估了三个地理种群的配合力和杂交优势。结果表明,在总体水平上父本对于体重的一般配合力大大高于母本；不管是父本还是母本,LZ群体的一般配合力都是最大的；YN♀×PY♂的特殊配合力最大,杂交优势明显,可见种内群体间杂交是培育团头鲂优良新品系的重要方法之一。除此之外,团头鲂子一代的生长性状与亲本群体的遗传多样性指数在一定范围内存在显着性线性正相关关系,其中体重与亲本群体期望杂合度的关系。式为y=600.7x-29.472（r=0.8651, p=0.0026）。6.团头鲂20月龄遗传参数和育种值估计本研究采用混合家系遗传参数估计法对20月龄团头鲂F1代的生长相关性状（体重、体长、全长和体高）的遗传参数和育种值进行了估计。利用SPSS19软件的一般线性模型（GLM）计算表型变量的方差组分,估计生长相关性状的遗传力。结果显示团头鲂20月龄的生长相关性状的遗传力在0.50～0.65之间,表明在加性效应控制下,团头鲂的生长性状具有较大的遗传改良潜力；遗传相关在0.98～1之间,说明团头鲂生长相关性状紧密连锁,在选育实践中可以只针对一个性状进行选育,如体重或体长,节约操作时间和降低成本。此外,本研究采用BLUP法估计了团头鲂生长相关性状的育种值和考虑团头鲂体型因素的综合育种值。单性状（体重或体长）的育种值与综合育种值排名相比较差异不大。育种值排名靠前的亲本绝大部分来自梁子湖和鄱阳湖,说明这两个湖泊的亲本比较优秀。7.团头鲂亲本对子代的贡献及优良亲本筛选本研究通过利用9对微卫星亲子鉴定技术研究亲本对子代群体的贡献及筛选优良亲本。通过微卫星标记分析发现,子代生长快和生长慢群体的FST较大（0.024,P<0.0343）,说明了通过表型选择会引起团头鲂子代群体间显着性的遗传差异。经过亲子鉴定分析发现,对于子代生长快群体和生长慢的群体,不是所有亲本均有贡献,在生长快和生长慢群体的有效群体数量比亲本显着降低,分别约为65和67尾。生长快和生长慢群体的近交系数分别约为0.77%和0.75%,这两个值高于亲本群体的近交系数。另外,经过亲本对生长快和生长慢群体的贡献分析,发现15个亲本（6个母本和9个父本）对生长快群体的贡献显着高于生长慢的群体,说明他们具有生产具有生长优势的后代的潜能,另外,通过对亲本体重育种值的估计,发现所选亲本的体重育种值排名均靠前,证实了通过亲本对子代的贡献筛选优秀亲本具有较高的可靠性。所筛选的亲本可用于构建团头鲂优良的家系,也可繁殖优质鱼苗直接用于生产。这些结果可以使团头鲂的选育计划更加完善,同时也为其他鱼类的选育提供了一定的借鉴。
邵燕,王剑伟,何勇凤,曹文宣,童金苟[9]（2009）在《稀有鮈鲫近交系微卫星多态性分析》文中研究指明利用17对微卫星引物对稀有鮈鲫（Gobiocypris rarus）野生群体和近交系F20和F22进行了遗传分析。结果表明在野生群体中17个微卫星位点均为多态位点,但在F20中仅有6个多态位点,F22中则仅有4个多态位点。在野生群体中共检测到64个等位基因,F20、F22分别为26、21个。近交系的平均基因纯合率均较高,其中F20为86.18%,F22达91.96%,而野生群体平均基因纯合率为46.84%。近交系平均杂合度和平均多态信息含量均较野生群体低。在近交系F20和F22中,群体间遗传相似性指数最大,其遗传距离最小,说明二者之间的亲缘关系最近。HAN系遗传多样性明显降低,已具有较高的遗传纯度。
邵燕[10]（2007）在《稀有鮈鲫近交系的遗传质量检测》文中指出稀有鮈鲫（Gobiocypris rarus）是我国特有的一种小型鲤科鱼类,隶属鲤形目（Cypriniformes）鲤科（Cyprinidae）,仅分布于四川省汉源县、石棉县、都江堰市、双流县、彭州市等地。从1990年开始,中国科学院水生生物研究所以培育鱼类实验动物为目的对其进行了大量的生物学研究,证实了它是培育鱼类实验动物的理想对象,并从饲养管理、品系培育等方面开展实验动物化研究。目前,通过全同胞兄妹交配已近交至第22代,按照实验动物近交系的定义,稀有鮈鲫的近交系已经建立,但需要对其进行遗传质量检测,鉴定近交系。本研究参照哺乳类实验动物的遗传质量监测的方法,从外部形态、骨骼、免疫、生化、分子五个方面对近交系的遗传纯度进行检测,以期获得近交系的遗传背景,建立品系鉴定的方法。1.对稀有鮈鲫的可数性状、传统可量性状及框架可量性状进行了检测,采用聚类分析、判别分析、主成分分析等多元统计分析方法,对非近交（野生和F1）和近交（F10和F20）稀有鮈鲫的外部形态变异进行了研究。结果发现,不同群体可数性状的变幅重叠,众数接近或相等,据此难以对群体进行鉴别。对可量性状多元分析发现稀有鮈鲫不同群体外部形态差异明显。判别分析的综合判别率为80%以上,F10和F20的判别准确率均高于野生种群;聚类分析表明野生种群和F1在形态上较为接近,与F10、F20在形态上却存在较大的差异;主成分分析和判别分析的结果表明,非近交和近交稀有鮈鲫在外部形态上存在的明显差异,主要是由于鱼体头部和躯干部垂直轴向的形态特征差异引起的。稀有鮈鲫群体间外部形态的差异主要是受遗传因素和环境因子共同影响。外部形态多元分析方法可以作为近交系鉴别的手段。2.对采自汉源县的稀有鮈鲫和HAN系F20头部骨骼变异进行研究,发现主鳃盖骨的外部形态在不同群体间具有明显差异。在判别分析中,野生种群和HAN系的判别准确率分别为100%、93.8%,表明结合判别分析利用主鳃盖骨进行稀有鮈鲫群体间的鉴别是可行的。3.采用鳞片移植方法评价稀有鮈鲫HAN系的遗传纯度,结果表明HAN系F22鳞片异体移植的成功率略低于同体移植的,但显着高于非近交个体鳞片异体移植的成功率,证明HAN系F22个体间具有较强的遗传一致性。采用鳞片移植的方法进行稀有鮈鲫近交系的遗传质量检测是可行的。4.运用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对稀有鮈鲫4种组织6种同工酶和1种肌蛋白进行了电泳研究,并以同工酶最具代表性的组织对稀有鮈鲫的近交和野生个体进行分析和比较。结果表明,稀有鮈鲫的同工酶系统具有明显的组织特异性。肝脏可作为群体间乙醇脱氢酶检测的实验材料,其它同工酶检测采用肌肉组织。在所研究的6种同工酶系统中,共记录出13个基因位点,其中在野生种群中单态位点有11个,有2个位点为多态,它们是EST-2和EST-3,多态位点的比例为15.56%;在HAN系F22中则无多态性位点,不同个体的同工酶酶谱均是一致的。在肌蛋白3个区段表达中,HAN系F22表现一致,个体间无差异,而野生种群的区段1、2则明显表现出多态性。以上结果表明经过多代近亲交配,稀有鮈鲫的遗传纯合度已有了明显的提高,近交系具有较高的遗传均一性。5.利用17对微卫星引物对稀有鮈鲫野生种群和近交系F20和F22进行了遗传分析。结果表明在野生种群中17个微卫星位点均为多态位点,但在F20中仅有6个多态位点,F22中则仅有4个多态位点。在野生种群中共检测到64个等位基因,F20、F22分别为26、21个。HAN系的平均基因纯合率均较高,其中F20为86.18%,F22达91.96%,而野生种群平均基因纯合率为46.84%。HAN系平均杂合度和平均多态信息含量均较野生种群低。在HAN系F20和F22中,群体间遗传相似性指数最大,其遗传距离最小,说明二者之间的亲缘关系最近。因此,HAN系遗传多样性明显降低,已具有较高的遗传纯度。
二、连续近交下家猪微卫星基因组杂合度与经济性状的相关性研究（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、连续近交下家猪微卫星基因组杂合度与经济性状的相关性研究（论文提纲范文）
（1）安庆六白猪全基因组受选择区域分析及种质优异基因鉴定（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 中英文缩略词表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 安庆六白猪简介 |
| 1.1.1 安庆六白猪产区分布 |
| 1.1.2 安庆六白猪种质特性 |
| 1.1.3 安庆六白猪保种现状 |
| 1.2 测序技术及猪基因组研究 |
| 1.2.1 基因组遗传变异检测方法 |
| 1.2.2 猪基因组学研究进展 |
| 1.3 选择信号简述 |
| 1.3.1 选择信号检测方法 |
| 1.3.2 选择信号在猪育种中的研究 |
| 1.4 基因组长纯合子片段(ROH)研究进展 |
| 1.4.1 ROH介绍及其检测方法 |
| 1.4.2 ROH应用进展 |
| 1.4.3 基因组近交系数 |
| 1.5 基因多态性与性状之间的关联分析 |
| 1.5.1 QTL定位 |
| 1.5.2 全基因组关联分析 |
| 1.5.3 expression QTL |
| 1.6 研究目的及意义 |
| 第二章 基于SSR标记的安庆六白猪遗传多样性分析 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 试验动物 |
| 2.2.2 仪器及试剂 |
| 2.2.3 DNA提取 |
| 2.2.4 DNA完整性、纯度及浓度检测 |
| 2.2.5 安庆六白猪群体14 个微卫星座研究 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 安庆六白猪DNA电泳检测 |
| 2.3.2 安庆六白猪14 个微卫星位点等位基因及基因型频率 |
| 2.3.3 安庆六白猪14 个微卫星位点遗传信息分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 安庆六白猪基因组选择信号研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 样本来源 |
| 3.2.2 猪基因组DNA文库构建及测序 |
| 3.2.3 基因组内遗传变异信息检测及基因组亲缘关系计算 |
| 3.2.4 SNP质控 |
| 3.2.5 选择信号检测 |
| 3.2.6 受选择区域候选基因GO及 KEGG功能分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 安庆六白猪及亚洲野猪重测序结果分析 |
| 3.3.2 安庆六白猪及亚洲野猪基因组遗传变异研究 |
| 3.3.3 选择信号参数设置 |
| 3.3.4 F_(ST)及πratio值计算 |
| 3.3.5 安庆六白猪基因组受选择区域内基因功能分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 安庆六白猪基因组长纯合子片段(ROH)研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 样本来源及基因组重测序 |
| 4.2.2 安庆六白猪、亚洲野猪基因组ROH检测 |
| 4.2.3 安庆六白猪基因组近交系数计算 |
| 4.2.4 安庆六白猪基因组ROH岛区域捕获及基因功能注释 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 两种猪基因组ROH统计 |
| 4.3.2 安庆六白猪与亚洲野猪基因组近交系数 |
| 4.3.3 安庆六白猪与亚洲野猪高频ROH区域鉴定 |
| 4.3.4 安庆六白猪与亚洲野猪ROH岛基因功能分析 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 安庆六白猪选择区域的QTL映射 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 安庆六白猪选择区域的QTL映射 |
| 5.2.2 PCR引物设计与合成 |
| 5.2.3 PCR反应体系及反应条件 |
| 5.2.4 PCR产物检测及数据计算 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 安庆六白猪选择区域的QTL映射 |
| 5.3.2 安庆六白猪候选基因多态性检测 |
| 5.4 讨论 |
| 5.5 小结 |
| 第六章 结论与展望 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 创新点与特色 |
| 6.3 下一步工作展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 个人简介 |
（2）金钱槭属的系统发育与保护基因组学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 前言 |
| 1.1 保护遗传学 |
| 1.1.1 保护遗传学概念和发展历史 |
| 1.1.2 保护遗传学的研究内容 |
| 1.2 东亚第三纪孑遗植物与保护 |
| 1.2.1 孑遗物种的概念和保护意义 |
| 1.2.2 东亚第三纪孑遗植物的研究概况 |
| 1.3 金钱槭属研究背景 |
| 1.3.1 金钱槭属概况 |
| 1.3.2 金钱槭属的分子系统学研究进展 |
| 1.3.3 群体遗传及谱系地理学研究进展 |
| 1.3.4 金钱槭属保护生物学研究进展 |
| 1.3.5 金钱槭属研究存在的问题 |
| 1.4 研究内容与目的 |
| 1.4.1 研究内容 |
| 1.4.2 研究目的 |
| 1.5 技术路线 |
| 第二章 金钱槭属与槭属的系统发育关系 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料和方法 |
| 2.2.1 取样及数据搜集 |
| 2.2.2 直系同源基因的鉴定 |
| 2.2.3 序列比对与系统发育分析 |
| 2.2.4 分化时间估算 |
| 2.2.5 化石校正 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 转录组从头组装和低拷贝直系同源基因的鉴定 |
| 2.3.2 金钱槭属和槭属的系统发育关系 |
| 2.3.3 基于化石校正的分化时间估算 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 金钱槭属和槭属的系统发育关系 |
| 2.4.2 金钱槭和云南金钱槭的分化时间 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 全基因组测序及比较基因组研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料和方法 |
| 3.2.1 实验材料 |
| 3.2.2 基因组DNA的提取、文库构建及测序 |
| 3.2.3 基因组的组装和注释 |
| 3.2.4 比较基因组分析 |
| 3.3 研究结果 |
| 3.3.1 基因组大小、杂合度和重复率估算 |
| 3.3.2 基因组组装结果及组装质量评估 |
| 3.3.3 基因组注释 |
| 3.3.4 比较基因组分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 槭亚科的基因组结构进化 |
| 3.4.2 槭亚科的基因组分化历史 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 群体遗传结构和种群动态历史 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料和方法 |
| 4.2.1 群体调查和采样 |
| 4.2.2 群体重测序、SNP检测与过滤 |
| 4.2.3 群体遗传结构和遗传多样性分析 |
| 4.2.4 种群动态历史分析 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 云南金钱槭野外资源状况 |
| 4.3.2 金钱槭和云南金钱槭的遗传多样性和群体遗传结构 |
| 4.3.3 金钱槭和云南金钱槭的谱系分化及种群动态历史 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 金钱槭属物种的遗传多样性及其影响因素 |
| 4.4.2 金钱槭和云南金钱槭的谱系地理结构和分化 |
| 4.4.3 种群动态历史 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 近交与遗传负荷 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 数据分析 |
| 5.2.1 近交水平的评估 |
| 5.2.2 选择效率的计算 |
| 5.2.3 突变负荷的评估 |
| 5.2.4 突变的适合度效应分布 |
| 5.3 结果 |
| 5.3.1 金钱槭和云南金钱槭各谱系的近交水平 |
| 5.3.2 选择效率及突变负荷 |
| 5.3.3 突变的适合度效应分布 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 生活史性状的改变对遗传多样性的影响 |
| 5.4.2 有害突变的积累与清除 |
| 5.4.3 对濒危孑遗植物保护的启示 |
| 5.5 小结 |
| 第六章 总结与展望 |
| 6.1 总结 |
| 6.2 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 在读期间的主要成果 |
| 致谢 |
（3）石斑鱼杂交后代表型和遗传性状分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 第一章 综述 |
| 1.1 杂交育种 |
| 1.1.1 鱼类杂交育种的发展 |
| 1.1.2 鱼类远缘杂交的障碍 |
| 1.1.3 鱼类远缘杂交不相容 |
| 1.1.4 鱼类远缘杂交的遗传学 |
| 1.1.5 石斑鱼杂交育种的研究进展 |
| 1.2 鱼类中的骨骼畸形 |
| 1.2.1 骨骼畸形原因 |
| 1.2.2 研究骨骼畸形的方法 |
| 1.2.3 鱼类骨骼畸形机制研究 |
| 1.2.4 石斑鱼中的畸形 |
| 1.3 鱼类染色体研究进展 |
| 1.3.1 染色体核型分析 |
| 1.3.2 染色体显带技术 |
| 1.3.3 荧光原位杂交技术 |
| 1.3.4 石斑鱼类染色体研究 |
| 1.4 分子标记的发展 |
| 1.4.1 线粒体DNA研究 |
| 1.4.2 微卫星分子标记的应用 |
| 1.5 转录组学 |
| 1.5.1 测序技术发展 |
| 1.5.2 石斑鱼转录组研究进展 |
| 1.6 研究内容 |
| 1.7 研究目的和意义 |
| 第二章 云龙石斑鱼与云纹石斑鱼、珍珠龙胆石斑鱼的生长性状及对比分析 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 云纹石斑鱼与云龙石斑鱼家系建立 |
| 2.2.2 云纹石斑鱼和云龙石斑鱼苗种培育 |
| 2.2.3 云龙石斑鱼与云纹石斑鱼及云龙石斑鱼家系间生长对比 |
| 2.2.4 云龙石斑鱼与珍珠龙胆石斑鱼生长对比 |
| 2.2.5 生长性状和畸形率统计 |
| 2.2.6 数据处理 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 云龙石斑鱼父系半同胞家系受精率 |
| 2.3.2 云龙石斑鱼父系半同胞家系畸形率 |
| 2.3.3 云龙石斑鱼家系间及父系半同胞家系间生长对比 |
| 2.3.4 云龙石斑鱼与云纹石斑鱼生长对比 |
| 2.3.5 云龙石斑鱼与云纹石斑鱼的生长曲线 |
| 2.3.6 云龙石斑鱼与珍珠龙胆石斑鱼生长对比 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 云龙石斑鱼家系的生长差异 |
| 2.4.2 云龙石斑鱼与云纹石斑鱼生长对比 |
| 2.4.3 云龙石斑鱼与云纹石斑鱼的生长曲线 |
| 2.4.4 云龙石斑鱼与珍珠龙胆石斑鱼生长对比 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 云龙石斑鱼畸形性状发生的转录组分析 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 鱼的来源 |
| 3.2.2 取样以及RNA提取 |
| 3.2.3 cDNA文库构建以及illumina测序 |
| 3.2.4 序列组装以及功能注释 |
| 3.2.5 差异基因分析 |
| 3.2.6 样本相关性及主成分分析 |
| 3.2.7 基因表达网构建 |
| 3.2.8 模块-性状关系以及关键基因鉴定 |
| 3.2.9 基因验证 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 正常鱼与畸形鱼的外在表现 |
| 3.3.2 云龙石斑鱼的脑、垂体和脊椎骨的转录组De novo组装与分析 |
| 3.3.3 Unigenes的注释 |
| 3.3.4 样本聚类以及差异基因鉴定 |
| 3.3.5 差异基因的GO富集分析 |
| 3.3.6 差异基因的KEGG分析 |
| 3.3.7 基因共表达网络的构建 |
| 3.3.8 畸形相关模块的鉴定以及功能注释 |
| 3.3.9 基因鉴定以及网络构建 |
| 3.3.10 荧光定量验证实验 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 石斑鱼线粒体基因组全序列分析与系统进化研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 样本采集与DNA提取 |
| 4.2.2 PCR扩增与测序 |
| 4.2.3 线粒体DNA注释及分析 |
| 4.2.4 系统发育树构建 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 线粒体基因组结构 |
| 4.3.2 蛋白质编码基因 |
| 4.3.3 转运RNA和核糖体RNA |
| 4.3.4 线粒体基因组的基因间隔和重叠区域 |
| 4.3.5 L链的复制起点和控制区 |
| 4.3.6 线粒体的母性遗传 |
| 4.3.7 系统发育关系 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 赤点石斑鱼♀×蓝身大斑石斑鱼♂杂交子代发育及生长比较 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 受精卵的获取与孵化 |
| 5.2.2 仔稚幼鱼的培育 |
| 5.2.3 取样与观察 |
| 5.2.4 数据处理 |
| 5.3 结果 |
| 5.3.1 胚胎发育 |
| 5.3.2 胚后发育 |
| 5.3.3 E. AT与E. A生长性状比较 |
| 5.3.4 E. AT与E. A第二背鳍棘与第一腹鳍棘的变化 |
| 5.4 讨论 |
| 5.5 小结 |
| 第六章 赤点石斑鱼♀×蓝身大斑石斑鱼♂杂交子代遗传特征分析 |
| 6.1 引言 |
| 6.2 材料与方法 |
| 6.2.1 实验材料 |
| 6.2.2 头肾-秋水仙素法制备染色体 |
| 6.2.3 线粒体DNA序列测定 |
| 6.3 结果 |
| 6.3.1 赤点石斑鱼♀×蓝身大斑石斑鱼♂杂交子代E. AT与E. A染色体数目及组成 |
| 6.3.2 E.AT线粒体DNA分析 |
| 6.4 讨论 |
| 6.4.1 杂交子代E.AT染色体组成 |
| 6.4.2 杂交子代E.AT线粒体 |
| 6.5 小结 |
| 第七章 赤点石斑鱼♀×蓝身大斑石斑鱼♂杂交子代与父母本微卫星遗传多样性分析 |
| 7.1 引言 |
| 7.2 材料与方法 |
| 7.2.1 试验材料 |
| 7.2.2 基因组DNA的提取 |
| 7.2.3 SSR引物 |
| 7.2.4 PCR扩增和自动荧光检测 |
| 7.2.5 数据统计与分析 |
| 7.3 结果 |
| 7.3.1 SSR位点多态性分析 |
| 7.3.2 基因位点的遗传分化 |
| 7.3.3 群体遗传多样性分析 |
| 7.3.4 哈代温伯格平衡检验 |
| 7.3.5 遗传距离与遗传一致度 |
| 7.4 讨论 |
| 7.5 小结 |
| 参考文献 |
| 科研成果 |
| 资助项目 |
| 致谢 |
（4）文蛤（Meretrix meretrix）7个群体遗传多样性分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 引言 |
| 1.1 种质鉴定的手段 |
| 1.1.1 形态学分析 |
| 1.1.2 生理生化指标 |
| 1.1.3 分子标记 |
| 1.2 分子标记在海洋贝类遗传基础的应用 |
| 1.3 分子标记在海洋贝类种质资源鉴定的应用 |
| 1.4 分子标记在海洋贝类品种改良的应用 |
| 1.5 本研究目的、内容及意义 |
| 第二章 文蛤红壳色选育群体遗传多样性的微卫星分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验动物 |
| 2.1.2 实验所用试剂及仪器 |
| 2.1.3 DNA和RNA的提取 |
| 2.1.4 高通量测序 |
| 2.1.5 SSR位点搜索 |
| 2.1.6 数据分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 文蛤转录组中SSR的数量 |
| 2.2.2 微卫星序列的重复碱基类型分析 |
| 2.2.3 微卫星序列数量及长度分布 |
| 2.2.4 文蛤多态性微卫星标记筛选 |
| 2.2.5 文蛤7个群体微卫星遗传多样性 |
| 2.2.6 文蛤7个群体间遗传变异和基因交流 |
| 2.2.7 文蛤7个群体间的遗传关系和聚类分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 文蛤微卫星特征 |
| 2.3.2 文蛤7个群体遗传多样性 |
| 2.3.3 文蛤7个群体的遗传分化 |
| 2.3.4 基因型分布偏离Hardy-Weinberg平衡 |
| 2.4 结论 |
| 第三章 基于SNP标记对江苏文蛤红壳色选育群体遗传多样性分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验所用试剂及仪器 |
| 3.1.3 基因组DNA制备 |
| 3.1.3 SNP位点筛查 |
| 3.1.5 SNP标记分型 |
| 3.1.6 数据分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 文蛤SNP筛查及突变类型 |
| 3.2.2 连锁不平衡分析及单倍型构建 |
| 3.2.3 文蛤选育群体遗传结构 |
| 3.2.4 生长相关6个SNP位点在文蛤选育群体中基因型频率变化 |
| 3.2.5 遗传分化与进化树构建 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 结论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读硕士期间发表论文情况 |
| 攻读硕士期间参加会议情况 |
| 致谢 |
（5）中-越地方鸡品种的遗传多样性分析（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 英文缩略词 |
| 第1章 文献综述 |
| 1 引言 |
| 2 中-越地方鸡品种资源简介 |
| 3 畜禽品种鉴定的概述 |
| 4 微卫星标记 |
| 4.1 微卫星概述 |
| 4.2 微卫星分型技术 |
| 4.3 微卫星标记的优点 |
| 4.4 微卫星标记的不足 |
| 4.5 微卫星标记在家禽遗传育种研究中的应用 |
| 5 SNP标记 |
| 5.1 SNP标记在家禽遗传育种研究中的应用 |
| 6 本研究的目的及意义 |
| 第2章 中-越地方鸡品种的遗传多样性分析 |
| 1 实验材料及分析方法 |
| 1.1 样本采集 |
| 1.2 微卫星荧光引物筛选 |
| 1.3 实验仪器与试剂 |
| 1.3.1 主要仪器和设备 |
| 1.3.2 主要试剂 |
| 1.4 实验用鸡血液样本DNA提取 |
| 1.5 PCR反应体系建立 |
| 1.6 STR基因分型检测 |
| 1.6.1 电泳检测 |
| 1.6.2 STR检测 |
| 1.7 统计学原理 |
| 1.8 基因型判定方法 |
| 1.9 聚类方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 样本基因组提取 |
| 2.2 STR基因分型检测 |
| 2.3 微卫星位点的遗传学参数 |
| 2.4 群体遗传学参数 |
| 2.4.1 等位基因数 |
| 2.4.2 多态信息含量 |
| 2.4.3 杂合度 |
| 2.5 F统计量 |
| 2.6 遗传距离 |
| 2.6.1 基于遗传距离的聚类分析 |
| 2.7 PCA分析 |
| 2.8 群体遗传结构分析 |
| 2.9 特有等位基因型及品种鉴定 |
| 2.9.1 特有等位基因及频率 |
| 2.9.2 基因型赋值以及品种鉴别标签的构建 |
| 3 讨论 |
| 3.1 各群体的样本含量 |
| 3.2 SSR引物的选择及标记 |
| 3.3 群体遗传学参数与遗传距离 |
| 3.4 PCA分析 |
| 3.5 群体遗传结构分析 |
| 第3章 全基因组重测序检验分析部分地方鸡品种的群体遗传结构 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验动物 |
| 1.1.1 血液基因组提取 |
| 1.2 全基因组重测序 |
| 1.2.1 群体进化简介 |
| 1.2.2 全基因组重测序群体进化 |
| 2 实验流程 |
| 2.1 样品检测 |
| 2.2 文库构建 |
| 2.3 库检 |
| 2.4 上机测序 |
| 2.5 主成分分析 |
| 2.6 群体遗传结构分析 |
| 2.7 群体进化树分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 主成分分析 |
| 3.2 群体遗传结构分析 |
| 3.3 系统发育树分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 主成分 |
| 4.2 群体遗传结构 |
| 4.3 系统发育树 |
| 全文结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
（6）臭柏叶绿体基因组、群体遗传多样性及谱系地理学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 1 引言 |
| 1.1 遗传多样性及评价方法概述 |
| 1.1.1 遗传多样性概念 |
| 1.1.2 遗传多样性的研究方法 |
| 1.2 谱系地理与植物系统进化 |
| 1.2.1 谱系地理学概述 |
| 1.2.2 青藏高原隆起及第四纪冰期对中国西北干旱区的影响 |
| 1.2.3 植物系统进化与谱系地理学中常用的分子标记 |
| 1.2.4 谱系地理学研究中的生态位模型 |
| 1.3 柏科刺柏属物种及臭柏国内外研究进展 |
| 1.3.1 柏科刺柏属简介及研究现状 |
| 1.3.2 臭柏简介及研究现状 |
| 1.4 研究目的、意义和内容 |
| 1.4.1 研究目的与意义 |
| 1.4.2 研究内容 |
| 1.5 技术路线 |
| 2 臭柏叶绿体基因组结构与系统进化 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 实验方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 臭柏叶绿体基因组结构及特征 |
| 2.2.2 臭柏叶绿体基因组密码子偏好性 |
| 2.2.3 臭柏叶绿体基因组重复序列 |
| 2.2.4 刺柏属植物种间叶绿体基因组比较 |
| 2.2.5 系统进化分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 臭柏叶绿体基因组变异 |
| 2.3.2 遗传标记的开发 |
| 2.3.3 臭柏系统进化关系 |
| 2.4 小结 |
| 3 基于SSR标记的臭柏群体遗传多样性和遗传结构 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验方法 |
| 3.1.3 数据分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 引物开发、筛选及种间通用性检测 |
| 3.2.2 无效等位基因检测、哈迪-温伯格平衡及中性检验 |
| 3.2.3 臭柏群体的遗传多样性 |
| 3.2.4 臭柏群体的遗传分化 |
| 3.2.5 臭柏主坐标分析和聚类分析 |
| 3.2.6 臭柏群体的遗传结构 |
| 3.2.7 群体BOTTLENECK瓶颈效应分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 臭柏群体遗传多样性 |
| 3.3.2 臭柏群体遗传结构和遗传分化 |
| 3.3.3 SSR引物开发及在近缘种间的通用性 |
| 3.4 小结 |
| 4 臭柏谱系地理学研究-基于cpDNA、ITS和SCNG的分子生物学证据 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 实验方法 |
| 4.1.3 数据分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 臭柏cpDNA单倍型的序列特征及多态性 |
| 4.2.2 臭柏ITS单倍型的序列特征及多态性 |
| 4.2.3 臭柏ABI3单倍型的序列特征及多态性 |
| 4.2.4 臭柏群体遗传结构与遗传分化 |
| 4.2.5 系统发育树的构建 |
| 4.2.6 单倍型各分支分化时间估算 |
| 4.2.7 臭柏群体的动态历史事件 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 群体遗传多样性及不同遗传标记水平结果对比 |
| 4.3.2 遗传结构和谱系分化 |
| 4.3.3 冰期避难所及扩张历史推断 |
| 4.4 小结 |
| 5 臭柏不同时期地理分布格局 |
| 5.1 臭柏资源数据收集 |
| 5.2 实验方法 |
| 5.2.1 生物气候变量获取 |
| 5.2.2 分布点数据处理及环境变量筛选 |
| 5.2.3 MaxEnt模型运行及臭柏适生区划分 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 臭柏现代潜在分布区预测 |
| 5.3.2 过去和未来潜在分布区 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 环境因子对现代地理分布的制约 |
| 5.4.2 不同时期臭柏潜在适宜分布区变化 |
| 5.5 小结 |
| 6 基于遗传多样性特征和谱系地理特征的臭柏保护策略 |
| 6.1 天然臭柏群体现状 |
| 6.2 臭柏群体遗传特征 |
| 6.3 保护策略的提出 |
| 6.3.1 建立保护单元 |
| 6.3.2 原地保护 |
| 6.3.3 迁地保护 |
| 6.3.4 加强保护区管理 |
| 6.3.5 加大宣传力度 |
| 6.4 小结 |
| 7 结论与创新点 |
| 7.1 结论 |
| 7.2 创新点 |
| 8 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 作者简介 |
（7）大菱鲆遗传进展及利用分子标记估计育种值的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 绪论 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 大菱鲆遗传育种研究进展 |
| 1.1 前言 |
| 1.2 大菱鲆遗传育种研究进展 |
| 1.3 小结 |
| 2 分子标记在水产动物遗传育种领域的应用 |
| 2.1 分子标记概述 |
| 2.2 分子标记在水产动物遗传育种领域的应用 |
| 3 技术路线 |
| 第二章 大菱鲆体重性状遗传进展研究 |
| 1 引言 |
| 2 数据来源和分析方法 |
| 2.1 数据来源 |
| 2.2 数据分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 描述性统计 |
| 3.2 遗传分析 |
| 3.3 选育进展 |
| 4 讨论 |
| 4.1 遗传分析 |
| 4.2 遗传进展 |
| 第三章 利用基于分子标记的亲缘关系估计大菱鲆体重遗传参数和育种值的研究 |
| 1 引言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 微卫星分子标记 |
| 2.3 主要试剂和仪器 |
| 2.4 基因组DNA提取 |
| 2.5 PCR反应 |
| 2.6 微卫星分型 |
| 2.7 分子相关度计算 |
| 2.8 亲缘关系矩阵构建 |
| 2.9 遗传分析 |
| 2.10 交叉验证 |
| 3 结果 |
| 3.1 DNA提取和微卫星分型 |
| 3.2 分子相关度 |
| 3.3 遗传分析 |
| 3.4 交叉验证 |
| 4 讨论 |
| 4.1 分子相关度 |
| 4.2 遗传分析 |
| 4.3 分子亲缘关系方法在大菱鲆育种当中的应用 |
| 第四章 大菱鲆5月龄幼鱼体重性状关联SNP验证及分子标记辅助BLUP估计育种值 |
| 1 引言 |
| 2 实验材料和方法 |
| 2.1 实验群体 |
| 2.2 SNP |
| 2.3 主要试剂和仪器 |
| 2.4 基因组DNA提取 |
| 2.5 SNP分型 |
| 2.6 一般线性模型分析 |
| 2.7 混合线性模型分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 表型性状统计 |
| 3.2 基因组DNA提取结果 |
| 3.3 SNP分型 |
| 3.4 一般线性模型分析 |
| 3.5 混合线性模型分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 SNP分型 |
| 4.2 性状关联标记分析 |
| 第五章 大菱鲆Cygb-2基因不同组织表达及其与体重性状关联性分析 |
| 1 引言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 主要试剂和仪器 |
| 2.3 总RNA的提取 |
| 2.4 去除基因组DNA |
| 2.5 反转录 |
| 2.6 大菱鲆Cygb-2基因mRNA的组织表达分析 |
| 2.7 大菱鲆Cygb-2 mRNA的个体相对表达量与体重性状关联分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 大菱鲆Cygb-2基因在幼鱼不同组织表达 |
| 3.2 Cygb-2 mRNA的个体相对表达量与体重性状关联分析 |
| 4 讨论 |
| 全文结论 |
| 全文创新点 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间的研究成果 |
（8）团头鲂EST-SSR的开发及在育种中的应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略语表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 转录组高通量测序技术 |
| 1.1 转录组 |
| 1.2 转录组高通量测序技术 |
| 2 水产动物育种技术 |
| 2.1 传统育种技术 |
| 2.2 分子标记辅助育种 |
| 3 微卫星标记及其在水产动物育种中的应用 |
| 3.1 群体遗传学研究 |
| 3.2 亲缘关系鉴定和谱系分析 |
| 3.3 构建遗传连锁图谱和QTL定位 |
| 4 数量遗传学及在水产育种中的应用 |
| 4.1 数量性状 |
| 4.2 遗传力(heritability)和遗传相关(genetic correlation) |
| 4.3 育种值(breeding value) |
| 4.4 杂交优势(heterosis)与配合力(combining ability) |
| 5 团头鲂遗传育种研究进展 |
| 6 本研究的主要内容、目的和意义 |
| 第二章 基于454 GS FLX高通量测序的团头鲂转录组学研究 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 主要仪器 |
| 1.4 RNA的提取和质量检测 |
| 1.5 cDNA合成和扩增 |
| 1.6 cDNA文库均一化 |
| 1.7 样品准备与高通量测序 |
| 1.8 序列拼接 |
| 1.9 功能注释、基因分类和代谢途径分析 |
| 1.10 微卫星序列(SSR)和单核苷酸多态性(SNP)查找和分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 高质量RNA的提取和454转录组文库的构建 |
| 2.2 454焦磷酸测序 |
| 2.3 拼接 |
| 2.4 开放阅读框(ORF)查找 |
| 2.5 基因鉴定和注释 |
| 2.6 比较分析 |
| 2.7 微卫星(SSR)分布特征 |
| 2.8 单核苷酸多态性(SNP)标记鉴定 |
| 3 讨论 |
| 小结 |
| 第三章 团头鲂EST-SSR的开发及多重PCR的构建 |
| 1 实验材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 主要仪器 |
| 1.4 团头鲂基因组DNA的制备 |
| 1.5 团头鲂微卫星引物设计 |
| 1.6 PCR扩增 |
| 1.7 聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE) |
| 1.8 数据处理和分析 |
| 1.9 团头鲂微卫星多重PCR体系的筛选 |
| 1.10 淤泥湖群体遗传多样性分析 |
| 2 实验结果 |
| 2.1 基因组DNA的提取结果 |
| 2.2 微卫星引物筛选结果 |
| 2.3 微卫星多重PCR体系构建 |
| 2.4 淤泥湖野生群体遗传多样性分析 |
| 3 讨论 |
| 小结 |
| 第四章 团头鲂微卫星亲子鉴定平台构建 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 主要实验仪器和试剂 |
| 1.3 样品采集 |
| 1.4 DNA提取 |
| 1.5 微卫星PCR扩增 |
| 1.6 微卫星基因型分型 |
| 1.7 计算机模拟分析 |
| 1.8 分养家系的亲子鉴定分析 |
| 1.9 混合家系的亲子鉴定分析 |
| 2 实验结果 |
| 2.1 亲本和子代的基因型分析 |
| 2.2 计算机模拟分析 |
| 2.3 单养家系的亲子鉴定 |
| 2.4 混养家系的亲子鉴定 |
| 3 讨论 |
| 小结 |
| 第五章 团头鲂不同地理群体间杂交优势和配合力分析 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 团头鲂野生群体亲本收集 |
| 1.2 人工繁殖 |
| 1.3 团头鲂子代饲养和数据测量 |
| 1.4 微卫星基因型分型 |
| 1.5 杂交优势和配合力分析 |
| 2 实验结果 |
| 2.1 团头鲂F_1代亲缘关系鉴定 |
| 2.2 团头鲂亲本群体遗传多样性分析 |
| 2.3 团头鲂F_1代优良家系筛选 |
| 2.4 团头鲂群体杂交优势分析 |
| 2.5 3个群体生长性状配合力分析 |
| 2.6 团头鲂不同地里群体间的杂交优势分析 |
| 3 讨论 |
| 小结 |
| 第六章 团头鲂F_1代20月龄生长性状的遗传参数 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 家系的构建 |
| 1.2 子代培育与生长性状数据测量与分析 |
| 1.3 微卫星基因型分型和亲子鉴定 |
| 1.4 遗传参数估计 |
| 1.5 单性状育种值估计 |
| 1.6 综合育种值估计 |
| 2 实验结果 |
| 2.1 亲子鉴定结果与子代生长 |
| 2.2 遗传参数估计 |
| 2.3 育种值估计 |
| 2.4 综合育种值估计 |
| 3 讨论 |
| 小结 |
| 第七章 亲本对子代生长快和生长慢群体的贡献 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 繁殖策略和子代饲养 |
| 1.2 样品采集和数据测量 |
| 1.3 微卫星亲子鉴定 |
| 1.4 数据分析 |
| 1.5 有效群体数量(Ne) |
| 1.6 亲本对子代生长快和慢群体的贡献 |
| 1.7 亲本育种值估计 |
| 2 实验结果 |
| 2.1 亲子鉴定结果 |
| 2.2 生长快和生长慢群体的生长表现和遗传特征 |
| 2.3 有效群体数量 |
| 2.4 亲本对生长快和慢群体的贡献及优良亲本的选择 |
| 2.5 中选亲本育种值分析 |
| 3 讨论 |
| 小结 |
| 本论文的主要研究结果及创新点 |
| 参考文献 |
| 附录一 实验室常用试剂、缓冲液的配制方法 |
| 附录二 团头鲂454高通量测序数据储存列表 |
| 附录三 团头鲂92个多态性微卫星标记详细信息 |
| 附录四 攻读博士学位期间发表论文和授权专利 |
| 附录五 攻读博士学位期间所获得奖励与荣誉 |
| 致谢 |
（9）稀有鮈鲫近交系微卫星多态性分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 基因组DNA的提取和检测 |
| 1.2.2 微卫星PCR扩增及产物检测 |
| 1.2.3 数据统计与分析 |
| 2 结 果 |
| 2.1 等位基因组成 |
| 2.2 遗传变异分析 |
| 2.3 遗传相似性指数和遗传距离分析 |
| 2.4 聚类分析 |
| 3 讨 论 |
| 3.1 关于稀有鲫群体内的遗传变异分析 |
| 3.2 关于稀有鲫群体间的遗传变异分析 |
| 3.3应用微卫星标记进行稀有鲫近交系的遗传检测 |
（10）稀有鮈鲫近交系的遗传质量检测（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 实验动物 |
| 1.1 实验动物的概念 |
| 1.2 实验动物的分类 |
| 1.3 实验动物的地位和作用 |
| 2 鱼类实验动物 |
| 2.1 鱼类作为实验动物的优势 |
| 2.2 鱼类实验动物的应用研究 |
| 2.3 鱼类实验动物化研究进展 |
| 3 稀有鮈鲫 |
| 3.1 稀有鮈鲫作为实验动物的特点和优势 |
| 3.2 稀有鮈鲫的应用研究进展 |
| 4 鱼类品系的培育 |
| 4.1 传统培育技术 |
| 4.2 多倍体诱导 |
| 4.3 诱变育种 |
| 4.4 单性技术 |
| 4.5 细胞工程技术 |
| 4.6 基因组工程技术 |
| 5 实验动物的遗传监测 |
| 5.1 一般形态学标记 |
| 5.2 细胞遗传学标记 |
| 5.3 免疫学标记 |
| 5.4 生物化学标记 |
| 5.5 分子生物学遗传标记 |
| 6 本研究的目的和意义 |
| 第二章 稀有鮈鲫近交系外部形态标记的检测 |
| 1 引言 |
| 2 材料 |
| 3 方法 |
| 3.1 数据测量 |
| 3.2 数据处理 |
| 3.3 统计分析 |
| 4 结果 |
| 4.1 可数性状 |
| 4.2 可量性状 |
| 5 讨论 |
| 5.1 关于可数性状和可量性状的变异 |
| 5.2 遗传因子对稀有鮈鲫外部形态的影响 |
| 5.3 环境因素对稀有鮈鲫外部形态的影响 |
| 5.4 关于稀有鮈鲫种群鉴别方法的探索 |
| 第三章 稀有鮈鲫近交系骨骼形态标记的检测 |
| 1 引言 |
| 2 材料 |
| 3 方法 |
| 3.1 透明骨骼标本的制作 |
| 3.2 骨骼的筛选 |
| 3.3 骨骼形态的度量 |
| 3.4 统计分析 |
| 4 结果 |
| 4.1 筛选骨骼 |
| 4.2 形态度量 |
| 4.3 统计结果 |
| 5 讨论 |
| 第四章 稀有鮈鲫近交系免疫标记的检测 |
| 1 引言 |
| 2 材料 |
| 3 方法 |
| 3.1 麻醉 |
| 3.2 鳞片移植 |
| 3.3 移植后的饲养 |
| 3.4 数据分析 |
| 4 结果 |
| 4.1 预实验 |
| 4.2 移植的鳞片 |
| 4.3 鳞片的存活率 |
| 4.4 鳞片上色素细胞的变化情况 |
| 5 讨论 |
| 第五章 稀有鮈鲫近交系生化标记的检测 |
| 1 引言 |
| 2 材料 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 主要试剂 |
| 2.3 主要仪器 |
| 2.4 主要溶液的配制 |
| 3 方法 |
| 3.1 样品制备 |
| 3.2 制胶 |
| 3.3 加样 |
| 3.4 电泳 |
| 3.5 退色和固定 |
| 3.6 记录保存 |
| 3.7 酶带分析 |
| 4 结果 |
| 4.1 稀有鮈鲫不同组织同工酶的表达模式 |
| 4.2 野生和近交稀有鮈鲫同工酶和肌蛋白的表达差异 |
| 5 讨论 |
| 5.1 同工酶实验材料的选择 |
| 5.2 群体间同工酶和肌蛋白的表达差异 |
| 5.3 同工酶用于近交系遗传监测 |
| 第六章 稀有鮈鲫近交系分子标记的检测 |
| 1 引言 |
| 2 材料 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 主要仪器设备 |
| 2.3 药品与试剂 |
| 2.4 主要溶液的配制 |
| 3 方法 |
| 3.1 基因组DNA 的提取与检测 |
| 3.2 微卫星PCR 扩增及产物检测 |
| 3.3 结果判读 |
| 3.4 数据处理 |
| 4 结果 |
| 4.1 基因组DNA 质量的检测 |
| 4.2 微卫星PCR 扩增结果 |
| 4.3 微卫星基因型分析 |
| 4.4 遗传变异分析 |
| 4.5 遗传相似性指数和遗传距离分析 |
| 4.6 聚类分析 |
| 5 讨论 |
| 5.1 关于稀有鮈鲫种群内的遗传变异分析 |
| 5.2 关于稀有鮈鲫种群间的遗传变异分析 |
| 5.3 应用微卫星标记进行近交系的遗传检测 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 博士期间发表论文情况 |
四、连续近交下家猪微卫星基因组杂合度与经济性状的相关性研究（论文参考文献）
- [1]安庆六白猪全基因组受选择区域分析及种质优异基因鉴定[D]. 吴旭东. 安徽农业大学, 2021
- [2]金钱槭属的系统发育与保护基因组学研究[D]. 冯钰. 浙江大学, 2021
- [3]石斑鱼杂交后代表型和遗传性状分析[D]. 李振通. 上海海洋大学, 2021
- [4]文蛤（Meretrix meretrix）7个群体遗传多样性分析[D]. 田镇. 上海海洋大学, 2021(01)
- [5]中-越地方鸡品种的遗传多样性分析[D]. 赵龙. 扬州大学, 2021(08)
- [6]臭柏叶绿体基因组、群体遗传多样性及谱系地理学研究[D]. 路东晔. 内蒙古农业大学, 2020(06)
- [7]大菱鲆遗传进展及利用分子标记估计育种值的研究[D]. 吕丁. 南京农业大学, 2017(07)
- [8]团头鲂EST-SSR的开发及在育种中的应用[D]. 罗伟. 华中农业大学, 2014(09)
- [9]稀有鮈鲫近交系微卫星多态性分析[J]. 邵燕,王剑伟,何勇凤,曹文宣,童金苟. 水生生物学报, 2009(04)
- [10]稀有鮈鲫近交系的遗传质量检测[D]. 邵燕. 中国科学院研究生院（水生生物研究所）, 2007(03)